廃棄物処理事業では、全国の事業所で発生し、管理されている研究施設等廃棄物の集荷を行い、廃棄物処理事業拠点（処理施設）まで安全に輸送します。集荷された廃棄物を保管管理し、それぞれの廃棄物の性状に合わせた適切な処理を行うことにより、埋設処分に適した状態（廃棄体）にします。そして最終的に国による廃棄体確認検査を経て埋設施設に輸送します。
「集荷」「保管」「処理」それぞれの工程において、安全確保のための高い品質管理を行います。

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開梱・分別施設、廃棄体製造施設、そして廃棄物保管用倉庫を加えた廃棄物処理事業の拠点を原子力機構の埋設施設に近接して建設することを検討しています。